Mientras asistía a la primera reunión del Consejo de Baltimore, en el otoño de 1829, el Obispo John England de Charleston (Carolina del Sur), conoció a cuatro mujeres de esa ciudad: a las hermanas María y Honora O’Gorman, su sobrina, Teresa Barry (15 años), naturales de Irlanda, y a Mary Elizabeth Burke, quienes deseaban vivir una vida consagrada dedicada a servir en su diócesis a los pobres, enfermos, huérfanos y niños sin educación. England aceptó su oferta y regresó con ellas a Charleston, donde llegaron el siguiente 23 de noviembre. Él las instauró como comunidad religiosa el 8 de diciembre. Llamó a la nueva comunidad las «Hermanas de Nuestra Señora de la Misericordia», y la modeló según las Hermanas de la Caridad, fundada por la Madre Elizabeth Ann Seton en Emmitsburg, Maryland.

Las hermanas abrieron rápidamente una escuela en su residencia, y trasladándose posteriormente a un lugar más grande, en donde establecieron una escuela, un orfanato y un convento. En 1835 recibieron la incorporación por el Estado de Carolina del Sur. Ellas digirieron una serie de instituciones educativas y médicas que continuaron por períodos variables, incluyendo una escuela para los hijos de los negroamericanos libres.

Las Constituciones de la naciente Congregación fueron escritas por el segundo Obispo de Charleston, Ignacio A. Reynolds, en 1844. Las basó en las Constituciones de las Hermanas de la Caridad de Nazaret, a quienes conocía por ser nativo de Kentucky, y en la simple regla dada a las Hermanas de England, que se basaba en la Regla de Vida de San Vicente de Paúl.

En la mitad del siglo XIX, incluso en medio de la confusión de la guerra civil americana, la congregación creció y se expandió a los estados de Georgia y Carolina del Norte.

En 1882, las Hermanas abrieron el Hospital San Francisco de Asís, que aún existe hoy en día como Hospital Bon Secours St. Francis en Charleston. Se ocupaban por los soldados heridos en la Guerra Española-Americana y de las víctimas de la fiebre amarilla. Las hermanas también respondieron a la creciente necesidad de enfermeras capacitadas mediante el establecimiento de la Escuela de Formación en Enfermería San Francisco Javier, que se inauguró el 22 de octubre de 1900.

En 1949, la congregación adoptó una nueva Constitución y un nuevo nombre: las Hermanas de la Caridad de Nuestra Señora de la Misericordia. La Comunidad se unió a la Federación de las Hermanas de la Caridad en 1994.

En 1989 la Congregación transfirió el patrocinio de sus hospitales al Sistema Hospitalario Bon Secours y estableció un Centro de Atención que proporciona un servicio directo a los pobres y ancianos de las islas Johns, James y Wadmalaw. Las hermanas sirven también en las escuelas parroquiales diocesanas, en diversos ministerios parroquiales y en los ministerios de la dirección espiritual y consejería pastoral. Desde el 2014, quince Hermanas de la Caridad de Nuestra Señora de la Merced sirven en Charleston, Carolina del Sur, desde la casa madre de May Forrest en la Isla James.

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