William Magee Seton falleció en Pisa a los 37 años y fue enterrado al día siguiente de morir en el cementerio inglés de Livorno.

William Magee Seton, esposo de Isabel, falleció en Pisa el 27 de diciembre de 1803.

La iglesia de Santa Catalina de Siena, a pocos pasos de la casa de los Filicchi, era un lugar donde la joven Isabel, a pesar de ser de fe anglicana, buscaba refugio a diario.

En el barrio de Venezia Nuova de Livorno, Italia, se encuentra el palacio del siglo XVIII donde Isabel y su hija fueron acogidas por la familia Filicchi.

El santuario de la Virgen de Montenero, patrona de Livorno y de la Toscana, situado en lo alto de una colina, es una de las primeras iglesias católicas en las que Isabel asistió a misa y experimentó un despertar espiritual ante la presencia de Cristo en el sagrario.

Tras el nacimiento de su quinto hijo en 1802, la tuberculosis de William empeoró. En 1803, Isabel, William y su hija mayor viajaron a Livorno, Italia, con la esperanza de que él recuperara la salud.

Tras la muerte del padre de Isabel, la joven pareja se mudó a una casa situada en el número 8 de State Street (1801-1803). Hoy en día, allí se encuentra el Santuario de Santa Isabel Ana Bayley Seton, en el extremo sur de Manhattan.

La finca de verano de los Bayley en Staten Island ofrecía mucho más que una simple escapada de la vida urbana: se convirtió en un retiro espiritual donde Isabel halló consuelo en la oración y en la naturaleza, especialmente en los momentos de pérdida.

Además de su residencia en la ciudad, el marido de Isabel, William Seton, adquirió en 1784 una propiedad que en aquel momento era una finca rural situada a varios kilómetros del centro de Nueva York. La llamó Craigdon.